【2026年最新版】学童保育の補助金を徹底解説！施設開業や運営に活用できる事例まとめ

学童保育を開業・運営するには、物件の取得費や内装工事費、人件費など、さまざまな費用がかかります。

まずは、開業時と開業後に必要となる主な費用を紹介します。

学童保育を開業するためには、約1,700万～2,300万円程度の初期費用が想定されます。

金額は施設規模や立地条件、提供するサービス内容によって変動しますが、具体的な内訳の目安は以下の通りです。

既存の建物を活用する場合でも、自治体が定める設備基準を満たすために改修が必要になることがあります。送迎サービスを実施する場合は、車両の購入費や安全装置の設置費も見込んでおきましょう。

学童保育を継続的に運営するためには、年間で約900万円の運営費用が想定されます。

▶学童保育の運営費用の例
・人件費：放課後児童支援員や補助員などの給与、賞与、社会保険料 など
・施設費：賃料、光熱費、修繕費、清掃費 など
・運営費：消耗品費、保険料、通信費、ICTシステムの利用料 など
・活動費：活動や行事、おやつの提供にかかる費用 など
・送迎費：車両の維持費、燃料費、自動車保険料 など

特に、大きな割合を占めるのが人件費です。

放課後児童クラブでは、市町村の基準条例に基づき、原則として1支援の単位ごとに放課後児童支援員を2人以上配置します。そのうち1人は補助員に代えることも可能です。

職員1人当たりの年収を約300万円とすると、社会保険料などを含めると1人当たり年間約350万円かかります。2人以上の職員を配置する場合、年間約700万円が人件費としてかかる計算です。

開所時間や登録児童数、職員の配置体制によって必要な金額は変わります。地域によって人件費の相場が異なるため、都市部ではさらに高額になる可能性があります。

また、習い事プログラムや送迎サービスなど、付加価値の高いサービスを提供する場合は、追加費用も考慮が必要です。

利用できる補助金制度を確認し、自己資金と補助金を組み合わせながら無理のない資金計画を立てましょう。

ここでは、学童保育の補助金がどのような仕組みで交付されるのかを解説します。

小学生が放課後を過ごす施設や事業には、放課後児童クラブや民間学童、放課後子供教室などがあります。それぞれの主な違いは、次の通りです。

一般に学童保育と呼ばれる「放課後児童クラブ」は、市町村が実施する地域子ども・子育て支援事業のひとつです。

放課後児童クラブの場合は、国が制度や補助基準額を定め、国・都道府県・市町村が費用を分担します。そのうえで、市町村が放課後児童クラブを運営したり、民間事業者へ委託費や補助金を交付したりするのが基本的な仕組みです。

民間学童のうち、放課後児童健全育成事業として自治体へ届出を行い、設備・運営基準を満たしたうえで、自治体の委託・補助対象となった施設は、補助を受けられる場合があります。

一方、自治体の事業とは別に独自のサービスとして運営されている民間学童（アフタースクール）は、国の補助制度を利用できない可能性があります。新規開設を予定している場合は、物件の契約や工事を進める前に自治体へ相談することが大切です。

2026年度は、放課後児童クラブの安定した運営や待機児童対策を進めるため、補助制度の見直しが行われました。

主な拡充ポイントは、次の3つです。

・放課後児童支援員などの人件費単価の引き上げ
・キャリアアップ処遇改善加算に「3年目区分」を新設
・運営費における登録児童数区分の一時的な弾力化

それぞれの変更内容を詳しく見ていきましょう。

【参照】
こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

2026年度は、人事院勧告や最低賃金の動向を踏まえ、放課後児童支援員などの人件費単価が引き上げられました。これに伴い、放課後児童健全育成事業における運営費の補助基準額（補助金額を算定する基準となる金額）も見直されています。

運営費の補助基準額は、職員の配置状況や年間開所日数、登録児童数などによって異なるため、すべての放課後児童クラブに同じ金額が交付されるわけではありません。

また、人件費単価の引き上げが、職員の給与へ一律に反映されるとは限らない点にも注意が必要です。実際の交付額や賃金への反映方法は、自治体や運営事業者によって異なります。

放課後児童支援員キャリアアップ処遇改善事業では、放課後児童支援員の経験年数や役割などに応じて、賃金改善に必要な費用を補助しています。2026年度からは、新たに「3年目」の区分が設けられました。

3年目に区分が新設されたことで、経験5年未満の職員も経験や研修受講を踏まえた処遇改善を行いやすくなりました。職員の定着や、継続的なキャリア形成を後押しする見直しといえるでしょう。

詳しくは、以下の表をご覧ください。

※1支援の単位あたりの補助基準額は、年額91万9,000円が上限

放課後児童クラブの運営費は、1支援の単位を構成する登録児童数の区分に応じて算定されます。

これまでは、登録児童数が46人以上になると、36～45人の区分よりも補助基準額が減額されていました。

2026年度は待機児童対策の一環として、一定の要件を満たす場合に限り、登録児童数が46～49人であっても「36～45人」の補助基準額を適用できるようになっています。

対象となる要件は、次の通りです。

・年間開所日数が250日以上
・2026年4月1日時点で、市町村に待機児童が生じている
・2027年度中に登録児童数を36～45人へ戻す計画（見込み）がある
・場所や人材を確保できず、支援の単位の分割が難しい
・児童1人あたりの専用区画面積に十分な余裕がある
・通常の人員配置に加え、放課後児童支援員または補助員を1人追加する
・1支援の単位を構成する児童数が50人未満である

この取り扱いを利用できるのは、1事業所につき1支援の単位のみで、適用も1回に限られます。

【参照】こども家庭庁「令和8年度における放課後児童健全育成事業の運営費における一時的な登録児童数区分の弾力化について 」

ここからは、2026年8月時点で利用できる国の主な補助制度8種類について、対象となる取り組みや補助率（*1）、補助基準額（*2）を紹介します。

*1 補助率：補助対象となる経費を国・都道府県・市町村などがどのような割合で負担するのかを示したもの
*2 補助基準額：補助金額を算定する基準となる金額

なお、実際の交付額や申請条件は、自治体の実施状況や予算によって異なります。利用を検討する場合は、必ず所在地を管轄する自治体へ確認してください。

※放課後児童健全育成事業の補助基準額は、年間250日以上開所し、登録児童数が36～45人の場合を掲載しています。

放課後児童健全育成事業は、放課後児童クラブの運営費を補助する制度です。実施主体は市町村ですが、市町村が適切と認めた民間事業者などへ委託することも可能です。

▶補助率
国：1/3、都道府県：1/3、市町村：1/3

▶補助基準額
職員の配置状況や年間開所日数、登録児童数によって異なります。

年間250日以上開所し、登録児童数が36～45人の場合の主な基本額は、次の通りです。

開所日数や開所時間などに応じた加算のほか、障害のあるこどもの受け入れや職員の処遇改善などに活用できる事業も用意されています。

【参照】こども家庭庁「子ども・子育て支援交付金の交付について」

子ども・子育て支援施設整備交付金は、放課後児童クラブの新設や改築、拡張、大規模修繕などにかかる費用を補助する制度です。

市町村が策定する整備計画に基づき、市町村や社会福祉法人、学校法人、市町村が認めた民間事業者などが設置する施設の整備を支援します。

▶補助基準額（通常の場合）

※創設・改築の場合、1支援の単位あたり
※待機児童の解消を目的とする整備では、補助率のかさ上げが適用される場合があります

▶補助率
公立：国：1/3、都道府県：1/3、市町村：1/3
民間：国：2/9、都道府県：2/9、市町村：2/9・設置者1/3

制度の対象経費や申請時の注意点は、以下の記事で詳しく解説しています。

▶こちらもチェック
【2026年最新】子ども・子育て支援施設整備交付金まとめ｜交付要綱・補助率・対象経費・注意点｜Hokally（ホーカリー）

【参照】こども家庭庁「子ども・子育て支援施設整備交付金の交付について」

放課後児童クラブ待機児童対策実証等事業は、待機児童の解消に向けた先駆的な取り組みを支援する、2026年度の新規事業です。

放課後児童クラブで働く職員の確保や、民間事業者の新規参入を促進する取り組みなどにかかる費用を補助します。

対象となるのは、一定数以上の待機児童が発生している都道府県・市町村です。

▶補助基準額

▶補助率
国：定額10/10

国が対象経費の全額を補助する仕組みですが、自治体が地域の課題に応じた事業を提案して実施します。

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要」

放課後居場所緊急対策事業は、放課後児童クラブへ申し込んだものの利用できないこどもに、緊急的な居場所を提供する事業です。

待機児童が10人以上いる市町村を対象に、児童館や公民館、小学校などへ専門スタッフを配置します。入退館の確認や見守りを行い、放課後を安全に過ごせる環境を整えます。

▶補助基準額

▶補助率
国：1/3、都道府県：1/3、市町村：1/3

実施主体は市町村ですが、市町村が適切と認めた事業者へ委託することも可能です。

ただし、放課後児童クラブの待機児童が解消するまでの緊急的な措置であり、通常の放課後児童クラブを新設するための補助制度とは異なります。

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

小規模多機能・放課後児童支援事業は、地域の状況に応じた放課後の居場所を確保するための制度です。小規模な放課後児童の預かり事業に加え、保育所や一時預かり、地域子育て支援拠点などを組み合わせた多機能な支援を行います。

▶補助基準額

▶補助率
国：1/3、都道府県：1/3、市町村：1/3

実施主体は市町村で、市町村が適切と認めた事業者への委託も可能です。

一般的な放課後児童クラブを運営する制度とは異なり、小規模な預かりや複数の子育て支援を組み合わせられる点が特徴です。

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

放課後児童クラブ等におけるICT化推進事業は、職員の業務負担軽減や利用者の利便性向上を目的として、ICTシステムなどの導入を支援する制度です。

保護者との連絡や利用管理などを効率化するシステムのほか、オンライン会議・研修に必要な環境整備、通訳サービスの利用などにかかる費用が対象となります。

▶補助基準額（加算）

▶補助率
国：1/3、都道府県：1/3、市町村：1/3

対象となるシステムや機器の範囲は、自治体によって異なる場合があるため、導入を検討している場合は早めに自治体へ確認しましょう。

▶こちらもおすすめ
学童の入退室をICTシステムで効率化！手書きを卒業するシステム選定ポイント
【徹底比較】学童で使いたいおすすめアプリ3選！初のICT導入でも安心な選び方のポイントを解説

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

放課後児童クラブの人材確保支援は、放課後児童支援員の専門性を高め、必要な人材を安定して確保するための制度です。

都道府県や指定都市、中核市が設置する保育士・保育所支援センターにおいて、放課後児童支援員も人材確保支援の対象とする場合に、追加で必要となる人件費や事務費を補助します。

▶補助基準額（加算）
1自治体あたり：年額137万7,000円

▶補助率
国：1/2、都道府県・指定都市・中核市：1/2

放課後児童クラブへ直接補助金を交付する制度ではなく、自治体による放課後児童支援員の就職支援や人材確保体制の充実を後押しする制度です。

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

放課後児童クラブ巡回アドバイザーの配置は、放課後児童クラブの安全管理や育成支援の質を高めるための制度です。

市町村・都道府県にアドバイザーを配置し、各クラブを巡回して、運営や安全管理、こどもの主体性を尊重した支援などについて助言を行います。

▶補助基準額
1自治体あたり：年額406万4,000円

▶補助率
国：1/2、市町村または都道府県：1/2

実施主体が適切と認めた団体などへ、巡回支援を委託することも可能です。

放課後児童クラブへ直接補助金を交付するものではなく、自治体が巡回アドバイザーを配置することで、地域の放課後児童クラブを支援する仕組みである点に注意しましょう。

【参照】こども家庭庁「令和8年度放課後児童対策・こども・子育て支援関連予算の概要 」

学童保育では、国の制度に加えて、都道府県や市区町村が独自の補助制度を実施している場合があります。

ここでは、2026年度に実施されている東京都・大阪府高槻市・愛知県豊田市の事例を紹介します。

東京都では、独自に定めた基準を満たす学童クラブを認証する「東京都認証学童クラブ事業」を実施しています。

認証を受けるには、職員配置や施設環境、開所時間、育成支援の内容など、東京都が定める基準を満たす必要があります。

▶主な補助基準額

障害のあるこどもの受け入れ人数や職員の配置状況によっては、障害児加配加算も利用できます。

▶補助率
東京都：2/3
※補助基準額と補助対象経費の実支出額を比較し、少ない方の金額に補助率を乗じて算定されます。

事業者へ実際に交付される金額や申請方法は、区市町村が定める制度によって異なります。東京都認証学童クラブへの移行や新規設置を検討している場合は、所在地の区市町村へ相談しましょう。

【参照】
東京都「東京都認証学童クラブ事業実施要綱 」
東京都「令和8年度東京都認証学童クラブ事業費補助金交付要綱 本文」
東京都「令和8年度東京都認証学童クラブ事業費補助金交付要綱 別表」

大阪府高槻市では、民間事業者による学童保育の運営や新規開設を支援しています。

「高槻市民間学童保育室運営事業費補助金」では、市へ放課後児童健全育成事業の届出を行い、市の設備・運営基準などを満たす事業者に対して、人件費や運営費、賃借料などを補助します。

また、新規開設に活用できる「高槻市民間学童保育室環境整備事業費補助金」では、2027年4月に開設する、一定の条件を満たす事業者を対象として、次の費用を支援しています。

【参照】
高槻市「高槻市における放課後児童健全育成事業の制度概要等について 」

愛知県豊田市では「豊田市放課後児童健全育成事業補助金」を通じて、民間児童クラブの運営や施設整備を支援しています。

補助対象となるには、市内に事業施設を設置し、市が行う放課後児童健全育成事業と同等または準ずる事業を、おおむね1年以上実施していることなど、一定の条件を満たす必要があります。

【参照】
愛知県豊田市「豊田市放課後児童健全育成事業補助金交付要綱 」
愛知県豊田市「豊田市放課後児童健全育成事業補助金 別紙（第6条関係） 」

学童保育の開設・運営には、施設整備費や人件費など、さまざまな費用がかかります。国や自治体の補助金を上手に活用し、費用負担を抑えながら準備や運営を進めましょう。

利用できる制度や条件は自治体によって異なります。新規開設や設備導入などを検討し始めた段階で担当窓口へ相談し、自施設に合った制度を確認しておくと安心です。

また、補助金を活用して費用負担を抑えることに加えて、日々の運営業務を効率化することも大切です。

学童保育の運営では、児童の入退室管理や保護者への連絡、延長保育料の計算など、多くの事務作業が発生します。こうした業務をICTシステムでまとめて管理すれば、職員の負担軽減や確認漏れの防止につながります。

学童保育施設向けクラウドシステム「Hokally（ホーカリー）」では、学童保育の運営に必要な情報をまとめて管理できます。

▶Hokallyの主な機能
・入退室管理
QRコードやタブレットで簡単打刻、保護者への通知も自動送信
・利用予定管理
利用者のお迎えや送迎情報、習い事などの予定をひと目で確認
・延長保育管理・保育料計算
学童ごとの細かなルールに対応し、保育料を自動計算
・保護者連絡・情報配信
欠席連絡、メッセージ、掲示板などをアプリで一括管理
・職員出退勤・シフト管理
出退勤を打刻で管理、シフト作成もスムーズに

▶おすすめポイント
・初めての方でも安心の操作性
初心者にも使いやすい、シンプルで分かりやすい画面設計
・施設ごとに柔軟にカスタマイズ可能
利用人数や延長保育のルールなど、細かな設定に対応
・初めてでも低価格で安心導入
複数支援も1アカウントで。児童数による追加料金なし、月額5,000円〜

Hokallyでは、施設の運用に合わせた導入相談やオンラインでの説明を受け付けています。補助金の活用とあわせて学童保育の業務を効率化したい方は、資料ダウンロードや無料相談をご利用ください。

Hokally（ホーカリー）の資料ダウンロード・無料相談はこちら

▶こちらもおすすめ
【開催レポート】『知って得する！学童保育の補助金の話　その壱』〜国の補助金満額もらうと1,200万超えるってホント！？〜
「職員がICTシステムを使いこなせるか不安…」導入事例と現場支援で見えてきた、定着する施設の3つの進め方